食物の発酵には、かび、酵母、細菌の三大微生物がかかわっています。これらは大きさわずか数μ（ミクロン　1μ＝1/1000mm）という微小な存在。かびはタンパク質やでんぷんなどを分解してアミノ酸、糖、アルコールなどをつくります。酵母は糖を分解してアルコールと炭酸ガスをつくります（アルコール発酵）。細菌は糖を分解して乳酸をつくったり（乳酸発酵）、アルコールを酸化して酢をつくったりします（酢酸発酵）。

ヨーグルトは基本的に、乳酸菌による乳酸発酵でつくられますが、世界には乳酸菌と酵母を併用する「ケフィール」（コーカサス）、「クミズ」（トルコ～中央アジア）などもあります。これが「乳酒」と呼ばれるのは１～２％の微量のアルコールを含むからです。